El hipopótamo pigmeo habita bosques pantanosos, donde muestra una conducta reservada, introvertida y nocturna.

Suelen pasar el día en hoyos en los márgenes de los ríos, en madrigueras de otros animales que ellos amplían o escondidos por los pantanos. La mayor parte de su actividad y alimentación tiene lugar a partir del atardecer y la puesta de sol.

Sus hábitos son muy solitarios; no buscan el conflicto, pero claramente evitan encontrarse con otros. Por eso en la ecología de esta especie es muy importante el marcaje de su espacio con excrementos. Cuando defecan, agitan vigorosamente la cola, esparciendo el excremento conforme lo expulsan.

El hipopótamo pigmeo tiene una dieta herbívora, basada en el consumo de plantas terrestres o semi acuáticas, que arranca tirando del tallo con los labios.

Su distribución toca actualmente cuatro países del oeste de África, y los parches de hábitat no invadidos por humanos y disponibles para estos animales están completamente fragmentados y en aislamiento entre sí. La mayor causa de amenaza en esta especie es la pérdida de su hábitat, que se calcula en más de 5000km² provocada, sobre todo, por la deforestación, la reconversión de tierras en
superficies de cultivo y el crecimiento demográfico humano con el consiguiente desarrollo de
infraestructura, todo lo cual se prevé siga avanzando y comiéndole terreno a los bosques.