El aligátor pertenece al orden de los crocodilios (Crocodylia), pero, en términos estrictos, no es un cocodrilo. En los crocodilios hay tres familias: la de los cocodrilos, la de los gaviales y la de aligátores y caimanes.

Se considera al aligátor americano una especie ecológica crucial, lo que significa que, a través de sus actividades, juega un papel clave en el mantenimiento de un ecosistema sano y diverso. Una de sus mayores contribuciones en este sentido es la construcción de los ‘agujeros de aligátores’, que son concavidades excavadas por el aligátor, usando su morro y su cola, en las que hay agua, proporcionando un refugio u oasis para muchas otras especies en períodos de sequía. Estos agujeros suministran una fuente de agua vital a insectos, crustáceos, serpientes, tortugas, aves, y otros animales, y de ello se beneficia también el aligátor, asegurándose poblaciones estables de presas.

El aligátor es capaz de sobrevivir en temperaturas bajo cero. Conforme desciende la temperatura, el ritmo metabólico del aligátor decrece, y en temperaturas inferiores a los 20-15 grados deja de comer, se retira a una madriguera o cueva y en ella pasa el invierno.

Los machos disponen de todo un repertorio de comportamientos para atraer a las hembras, desde rugidos graves y sonoros, o chocar la cabeza contra el agua, hasta incluso exhibición de posturas corporales complejas. Tras el aparcamiento, la hembra pone entre 25 y 60 huevos en un gran montículo de vegetación arrancada y barro. Los huevos son depositados en un hueco en lo alto del montículo y posteriormente cubiertos con más vegetación. Este nido no sólo protege a los huevos de inundaciones, sino que también contribuye a su incubación, debido al calor producido por la materia vegetal en descomposición. La temperatura a la que están expuestos los huevos determina su sexo; de ahí que suelan nacer crías de ambos sexos de una misma puesta, debido a las diferencias de temperatura en las distintas partes del nido. La incubación dura unos 65 días, aunque dependerá de la temperatura, y al finalizar, la hembra, que tiende a permanecer cerca del nido para protegerlo de depredadores, acude a las llamadas de las crías y las desentierra. Entre ocho y diez crías son llevadas entonces hasta el agua dentro de la mandíbula de la hembra. Los pequeños aligátores permanecen junto a su madre alrededor de un año, en ocasiones hasta tres. A pesar de la protección materna, muchas de las crías normalmente acaban siendo comidas por mapaches, grandes peces, aves o por machos adultos de aligátor.